Aan het einde van de zestiende en het begin van de zeventiende eeuw liepen buiten de stadsmuren van Amsterdam talloze paden die naar het achterland leidden. Deze paden hadden intrigerende namen zoals ‘Spaensch Leger’ of ‘Caetsbaanpad’. In enkele transport- en ondertrouwakten komt een naam voor waar weinig over bekend is: het Geuzenkerkhof.

De verschillende paden buiten de stad. De orientatie van deze paden werd overigens overgenomen tijdens de inrichting van de huidige Jordaan (Braun-Hogenberg, 1612).
Uit de inhoud van de bronnen is niet veel meer op te maken dan dat het buiten de Haarlemmerpoort (ter plaatse van het WIC-huis)lag, dichtbij een dijk en dat de erven strekten tot aan een sloot. Het kan niet anders dan dat met de dijk de huidige Haarlemmerstraat en de Haarlemmerdijk werden bedoeld, de waterkering die in de Middeleeuwen werd aangelegd om het achterland bescherming te bieden tegen hoge vloeden. Deze dijk had vóór de stadsuitbreiding van 1612 een ander verloop. Ter hoogte van de Wieringerstraten boog de dijk om in westelijke richting. Aangekomen bij het begin van de huidige Keizersgracht maakte de dijk wederom een bocht en ging de zuidzijde van de Brouwersgracht (moderne aanduiding) volgen. De knik in de Haarlemmerstraat tussen de Wieringerstraten en Brouwersstraten is nog een overblijfsel van het oude tracé van de dijk.
Aangezien de namen van de binnendijkse paden ten westen van de stad rond het jaar 1600 volledig bekend zijn en het Geuzenkerkhof niet tot die groep behoorde, kan het niet anders dat het buitendijks gelegen heeft. Een indicatie wat voor mensen op deze plek hebben gewoond kan uit de transport- en ondertrouwaktes worden gehaald. Vier transportakten uit de jaren 1608 en 1609 zijn bekend. Op 8 oktober 1608 kocht Cornelis Lamberts, sleper van beroep, een huis en erf op het Geuzenkerkhof dat strekte van de dijk tot achter aan de sloot. Op 30 november 1609 kocht de schuitenvoerder Willem Lodewijcxsz een huis in een slopje buiten de Haarlemmerpoort. Uit de ondertrouwakte van Jan Jansz en Roelofjen Andriesdr (2 april 1616) blijkt dat de bruidegom a puero (vanaf zijn jeugd) op het Geuzenkerkhof heeft gewoond. Het is aannemelijk dat in het laatste decennium van de zestiende eeuw de eerste bewoners op deze plek zijn neergestreken. Uiteindelijk is de bewoning op het Geuzenkerkhof verdwenen nadat met de derde uitleg alle voorstadhuisjes werden gesloopt.

Wonende a puero opt geuskerckhof (ondertrouwakte Jan Jansz en Roelofjen Andriesdr, 2-4-1616).
Blijkens de verschillende aktes is het duidelijk dat het Geuzenkerkhof heeft bestaan. Het is echter onduidelijk wanneer het Geuzenkerkhof is ontstaan en hoe het aan deze naam is gekomen. Het is uitgesloten dat de naam pas laat in de zestiende eeuw, toen Jan Jansz met zijn ouders op het Geuzenkerkhof gingen wonen, is ontstaan. De geuzen hadden toen gezegevierd en konden dus zelf beslissen waar en hoe hun doden te begraven. Een plek buiten de stad gold als verachtelijk. Alleen de dagen voor de strijd vóór 26 mei 1578 (de Alteratie) komen in aanmerking voor het ontstaan van de benaming Geuzenkerkhof. Voor die tijd was Amsterdam katholiekgezind en werden protestanten (dus ook geuzen) buiten de stadsmuren begraven. In de jaren vóór de Alteratie vonden hevige gevechten plaats tussen de geuzen en de soldaten binnen de stadsmuren van Amsterdam. De naam Geuzenkerkhof duidt op één gebeurtenis: op een grote slachting aan de kant van de geuzen tijdens een ongelukkig verlopen offensief. Een dergelijke nederlaag aan de kant van de geuzen vond plaats in de nacht van 25 op 26 november 1572. Contemporaine bronnen geven een beeld van wat er in die nacht gebeurde.
Broer Hendrik van Biesten, orateur van de Minderbroeders in Amsterdam, hield een dagboek bij waarbij de aanval van de geuzen ook werd opgetekend. Hij schreef: den 26 november quamen die geusen wederom van Haarlem ende uit Waterlant ende daer waekte op den dyk voor de poort een vendelknegten van de burgers. Deze stadssoldaten weerstonden de aanval en doodden ruim honderd geuzen. Een andere broeder die ook verslag deed van de aanval was Wouter Jacobsz. Hij schreef dat de geuzen veel branden hadden gesticht waaronder twee molens ende die huysen, die noch staende gebleven waeren tusschen Jan Roons (Jan Rodenpoorttoren) ende die Harlemerpoort buyten. De volgende dag vernam hij dat ontrent vijftienhondert goosen (geuzen), wesend altsaemen haeckscuts (haakbusschutters) de aanval hadden geopend maar waren verslagen. Maar wat werd gedaan met de ruim honderd omgekomen geuzen? Vaak werd het zeer omslachtig gevonden de vijanden op te hangen aan galgen op de Volewijk. Zo mislukte een poging van de geuzen om op 20 december 1572 de Diemerdijk ten oosten van de stad door te steken. Een honderdtal geuzen lieten het leven door kordaat optreden van de stadssoldaten. De vermoorde geuzen werden volgens Wouter Jacobsz naemaels geplondert ende naeckt geworpen in den put, dien sijluyden wuyt boosheyt om dien van Amsterdam te bescadigen in den dijck bij Jacob Hannez (Diemerdijk bij de uitmonding van de Diem) gegraven hadden. Het is aannemelijk dat eenzelfde procedure werd verricht na de aanval in de nacht van 25 en 25 november. Zowel Wouter Jacobsz als Hendrik van Biesten maakten melding van tien gevangen genomen geuzen. Allen werden door de schout aan de tand gevoeld.
Zo verklaarde Jonge Hans van Lubeck dat zij hijer over aenden dijck sterck sesthijen vendels (circa 1600 mannen) zoe te scheep als te lande wilden aanvallen. Het plan was om alle huizen buiten de stadsmuur in brand te steken en in de chaos die daarop zou ontstaan met gewelt de Haerlemerpoort innen te nemen ende alsulcx de stadt innen te nemen. Hans van der Horst, afkomstig uit het land van Holstein, verklaarde nadat ze de stad waren ingekomen het plan hadden om alle doot geslagen hebben wat zij voorhanden hadden gevonden ende voort alle de geestelickheijt de keele affgesneden hebben ende de regenten gequartyert (gevierendeeld).

alle de geestelickheijt de keele affgesneden ende de regenten gequartyert (confessie Hans van der Horst, 26-11-1572).
Egbert van Collum uit Friesland vertelde aan de schout dat het de bedoeling was geweest datter groff gheschut van Haerlem soude coemen daermede zy de muyren omgheschoeten ende de stadt inneghenomen souden hebben. De geuzen hadden tijdens het offensief kracht geput door de leus godt is met ons te roepen. Dit verklaarde Thonis Simonsz, afkomstig uit Doesven, Groningen. Tevens vertelde hij dat hij had horen zeggen datter hyer ter stede tweedracht was ende dat zyluyden de stadt soude criggen. De geuzen meenden dat bij de start van de aanval de poorten gheopent soude worden om onse knechten die buyten de poorte waecken in te laeten. Dat niet iedereen even goed wist wat de plannen waren bewijst de verklaring van Dominijck Schoemaecker. Hij wist niets van de aanval jeghens dese stadt alzoe hy maer een simpel soldaet is. Adriaen Smith uit het sticht van Keulen had de intentie om inde stadt de paepen vuytghejaecht soude hebben ende tgelt ende goedt gheplondert hebben. Uiteindelijk besloten de schepenen van Amsterdam de tien gevangen op 2 december 1572 op te hangen. Volgens Wouter Jacobsz stierven de gevangenen met biecht gelijck kerstemenschen.

Een aanval van de geuzen bij de Haarlemmerpoort in 1577. Uit een boot komen soldaten met een haakbus in een poging de stad in te nemen.
Op de kaart van Jacob van Deventer (tussen 1558 en 1570 getekend) komt eigenlijk maar één plek in overeenstemming om het Geuzenkerkhof aan toe te schrijven. Ten westen van de Haarlemmerpoort, buitendijks gelegen, zijn enkele woningen te zien met een sloot in het midden. Het is zeer goed mogelijk geweest dat de geuzen het kanaaltje ten noorden van de huizen binnenvoeren en daar hun schepen meerden. Voor een begraafplaats aan de zuidelijke oever van dit kanaaltje was in de jaren vóór de Alteratie ruimte genoeg. Het Geuzenkerkhof is goed te lokaliseren door een functie die Bureau Monumenten en Archeologie heeft ontwikkeld. De kaart van Jacob van Deventer en een moderne kaart kunnen over elkaar heen gelegd worden waaruit blijkt dat het Geuzenkerkhof in het blok Haarlemmerstraat, Binnen Brouwerstraat, Brouwersgracht en Korte Prinsengracht heeft gelegen.

De vermoedelijke locatie van het buitendijks gelegen Geuzenkerkhof op de kaart van Jacob van Deventer. De scherpe knik in de dijk is duidelijk te zien.
Uiteindelijk kregen de aanhangers van de gereformeerde religie op 2 maart 1578 een plek om hun doden binnen de stad te begraven. Een erffve leggende after tpouwels broeders convente (de huidige Waalse kerk was de oude kapel van dit klooster) daer de rosmolen aen compt en het sint Jorishoff oft bleeckvelt van dien (Kalverstraat ter hoogte van de Heiligeweg). Na de Alteratie van 26 mei 1578, waarbij de katholieken uit de stad werden gezet, kregen de protestanten de macht en hadden dus de keuze waar ze hun doden wilden begraven. De naam Geuzenkerkhof was vanaf toen een herinnering aan een bloedige slag in 1572.
Bronnen uit het Stadsarchief Amsterdam:
Eeghen, I.H., Dagboek van broeder Wouter Jacobsz, dl.1 1959
Kannegieter, J.Z., Het Geuzenkerkhof, Amstelodamum MB.52 1965